Après la fermeture de la Bourse du travail de Paris en 1893, un petit groupe de militants s’emploie à faire vivre une nouvelle Bourse du travail. L’influence de celle-ci s’avère limitée, et elle devient rapidement le théâtre de divisions internes. Un rapport de police indique alors que « depuis la fermeture de la Bourse du travail, les syndicats sont démoralisés. Les querelles d’école se font sentir à nouveau. Les éléments divers ont repris chacun leur essor.
Le lien de la Bourse du travail étant rompu, les syndicats se sont désunis et suivent des lignes de conduite différentes. Les uns sont décidés à lutter à outrance, les autres à accepter la loi de 1884. Depuis le sein même de la commission exécutive, ces tendances se manifestent ouvertement ».
A l’automne 1894 une majorité se forme néanmoins, pour décider de créer une Bourse du travail indépendante et à laquelle ne participeraient que des syndicats légaux. Un an plus tard, en novembre 1895, le cabinet radical Léon Bourgeois arrive aux affaires. Quelques semaines après son entrée en fonction, il décrète la réouverture de la Bourse. Mesureur, le ministre du commerce, estime alors que l’administration de la Bourse doit être confiée au Préfet et à la municipalité, l’autogestion syndicale devant être limitée à ses structures corporatives internes.
Cette décision consacre la double fonction de la Bourse : en tant qu’établissement public, la bourse est placée sous l’autorité unique du préfet de la Seine, mais elle laisse une marge de manœuvre aux syndicats, compétents dans la gestion de leur siège social.
La majorité des syndicats parisiens accepte, mais cette décision aboutit à la formation d’une nouvelle division interne. Le syndicat des cheminots s’y oppose. Une dissension apparaît également entre les représentants parisiens de la Bourse et le Comité fédéral de la Fédération des Bourses du travail, dirigé par Pelloutier favorable au combat pour l’autogestion.
La bourse du travail de Paris est finalement rouverte le 1er avril 1896. Ses syndicats membres se constituent alors en Union des chambres syndicales de la Seine (UCSS). Les mesures restrictives de 1896 et le contrôle préfectoral qu’elles instituent sont abrogés par le gouvernement Millerand (1899-1902).