Au lendemain de la seconde guerre mondiale les prémices d’une nouvelle scission apparaissent au sein de la CGT. Le rapport de forces internes est alors largement favorable aux anciens unitaires (ex CGTU). Ils contrôlent 21 fédérations sur les 30 que compte la Confédération.
Léon Jouhaux devient le représentant de la tendance des anciens confédérés, qui se regroupent dès 1943 autour du journal clandestin Résistance ouvrière, dont le nom change pour devenir Force ouvrière à la sortie de la guerre. Ils appellent à l’indépendance syndicale, remise en cause par les liens qui unissent la CGT et le PCF, au gouvernement jusque 1947. Dans ce contexte, les ex-unitaires obtiennent la désignation de Benoît Frachon au poste de secrétaire général de la Confédération. Face à l’influence grandissante des ex-unitaires, les confédérés mettent sur pied des groupes d’Amis de Force ouvrière, dans lesquels se développe l’idée de la constitution d’une organisation syndicale extérieure à la CGT.
En mai 1947, les ministres communistes doivent quitter le gouvernement Ramadier. Suivant les directives du PCUS, le PCF condamne le plan Marshall et abandonne toute stratégie d’entente avec les partis de gouvernement. De longues et dures grèves éclatent alors, et la CGT choisit de suivre la stratégie de rupture du PCF.
A la suite de ces événements, les anciens confédérés, réunis les 18 et 19 décembre 1947 pour la deuxième conférence nationale des groupes Force ouvrière, décident de quitter la CGT. Cette décision s’incarne le 19 décembre dans la démission de Léon Jouhaux et de quatre secrétaires confédéraux de la CGT. La scission provoque également la constitution en Fédération autonome de la Fédération de l’éducation nationale, soucieuse de garder son unité. Le premier congrès de la Confédération générale du travail-Force ouvrière se tient le 12 avril 1948. Léon Jouhaux en devient le premier secrétaire général.
La CGT-FO se veut la continuatrice du syndicalisme réformiste de la CGT de l’entre-deux-guerres, elle revendique le principe de l’indépendance syndicale.