En 1893, la plupart des syndicats membres de la Bourse du travail de Paris n’ont toujours pas régularisé leur situation conformément aux dispositions de la loi de 1884. Le Cabinet Charles Dupuy décide alors en avril 1893 de mettre un terme à cette situation. Celui-ci accorde un mois aux syndicats pour régulariser leur situation en s’enregistrant et en communiquant l’identité de leurs cadres. Ceux qui n’auraient pas effectués les démarches nécessaires passé ce délai seraient exclus de la Bourse. En réaction, les syndicats choisirent de ne pas céder à ce qu’ils considéraient comme une tentative d’intimidation à l’encontre du monde ouvrier.
Au mois de juin, un blocus financier de la Bourse du travail est institué à l’initiative du gouvernement. La mesure touchait également les syndicats légaux, alors que ceux-ci avaient pris faits et causes pour les syndicats irréguliers, en pensant être protégé de toute disposition gouvernementale. Le 12 juin, une manifestation organisée en résistance à la suppression des subventions rassemble 4 000 personnes. L’abrogation de l’article 4 de la loi de 1884 est demandée par les manifestants. Le 6 juillet, Dupuy fait occuper et fermer la Bourse du travail. Elle restera fermée pendant 3 ans. En août 1893, les syndicats non conformes furent déclarés dissouts et leurs responsables furent condamnés à des amendes. Avec la fermeture, les groupes syndicaux de Paris perdent une bonne partie de leurs moyens (locaux, subventions, bulletin mensuel, etc..). Pendant les 3 ans de fermeture de la Bourse du travail, certains syndicats tentent de maintenir ses activités, en constituant une « contre Bourse du travail ». Ils louent un local et reprennent leurs réunions. Mais cette Bourse accuse une sérieuse perte d’influence : en novembre 1893, seuls 80 des 280 groupes membres de la Bourse avant sa fermeture s’étaient acquittés de leurs cotisations. En mai 1894, seuls 25 cotisations étaient enregistrées. Le nombre de secrétaires permanent passe de 4 à 1, et la fonction est assurée par Abel Baumé.